BIODIFF
Diffraktometer für die Untersuchung biologischer Makromoleküle
Dieses Instrument ist auf kalte Neutronen fokussiert. Bitte beachten Sie deshalb aktuell die „Technischen Daten OHNE kalte Quelle“ unten. Wichtige abweichende Parameter sind gefettet. Ihre Rückfragen werden gern vom Instrumentteam beantwortet.
Insrumentschema BIODIFF
Das BIODIFF ist ein monochromatisches Einkristall-Diffraktometer, das auf die Strukturbestimmung von großen biologischen Makromolekülen (oft Proteine oder DNS) hin ausgelegt ist.
Bei diesen Makromolekülen spielen Wasserstoffatome eine wichtige Rolle. Sie sind z. B. verantwortlich für die Bindung des Substrats und nehmen an Protontransferreaktionen im katalytischen Zyklus vieler Enzyme teil. Daher ist es oft für ein Verständnis des zugrunde liegenden katalytischen Reaktionsmechanismus essentiell, den Protonierungszustand einzelner Aminosäure-Seitenketten im aktiven Zentrum der Enzyme zu kennen. Jedoch kann die Röntgenstrukturanalyse, welche im Allgemeinen zur Bestimmung der Proteinstruktur herangezogen wird, besonders diese oft flexiblen Wasserstoffatome im Allgemeinen nicht gut nachweisen. Die Strukturanalyse mit Neutronen hingegen erlaubt die Bestimmung ihrer Positionen schon bei einer mittleren Auflösung von dmin < 2,5 Å.
Das BIODIFF befindet sich am Neutronenleiter NL1. Mittels eines Graphit-Monochromators kann die gewünschte Wellenlänge der Neutronen kontinuierlich zwischen 1,85 und 5,3 Å aus dem weißen Strahl des Neutronenleiter als Primärstrahl ausgekoppelt werden. Die jeweils noch vorhandenen höheren Ordnungen werden durch einen Geschwindigkeitsselektor aus dem Primärstrahl entfernt. Mittels des PG(002)-Reflexes wird der Wellenlängenbereich zwischen 2,7 und 5,3 Å abgedeckt. Unter Verwendung des PG(004)-Reflexes können Wellenlängen zwischen 1,85 und 2,7 Å realisiert werden.
Der Hauptdetektor des Instruments ist ein Neutronen-Bildplatten-Detektor mit zylindrischer Geometrie, der etwa den halben maximalen Raumwinkel abdeckt. Als zweiter Detektor steht eine mit einem LiF/ZnS Neutronenkonverter/ Szintillator versehene CCD-Kamera zur Verfügung.
Der Hauptvorteil des Instruments BIODIFF ist, dass die verwendete Wellenlänge an die Größe der Einheitszelle und die gewünschte Auflösung angepasst werden kann. Der monochromatische Strahl hat dabei den Vorteil, dass der Untergrund gering gehalten wird, was besonders für die Messung hochaufgelöster Datensätze von Vorteil ist.
Typische Anwendungen
Der Fokus liegt auf der Strukturanalyse von Proteinen mit besonderem Augenmerk auf die Positionen der Wasserstoffatome.
Typische wissenschaftliche Fragestellungen in diesem Feld sind:
- Enzymatische Mechanismen, bei denen der Protonierungszustand von bestimmten Aminosäure-Seitenketten im aktiven Zentrum eine wichtige Rolle spielt.
- Ligandenbindung, bei denen Wasserstoffbrückenbindungen involviert sind.
- Untersuchungen der Wasserstruktur an der Oberfläche oder im aktiven Zentrum der Proteinmoleküle.
- H/D-Austauschungsgrad, um die Flexibilität oder Zugänglichkeit der Proteinstruktur an verschiedenen Stellen zu beurteilen.
- Bei Verwendung einer Wellenlänge von 4,7 Å lassen sich Einheitszellen mit Gitterkonstanten von bis zu 200 Å messen.
Probenumgebung
Neben der Standard-Probenumgebung stehen als spezielle Probenumgebungen für die Proteinkristallographie zur Verfügung:
- Ein Oxford Cryosystems Cryostream 700 plus, der einen Stickstoffgasstrom mit Temperaturen zwischen 90 und 500 K um die Probe erzeugt
- Closed Cycle Kryostat: 3,5 – 325 K
Technische Daten OHNE kalte Quelle
Primärstrahl
- Neutronenleiter: NL1 mit einer Nickel-Titan-Beschichtung m = 2
- Monochromatorkristall:
- Pyrolytischer Graphit (PG), Mosaizität: 0,4 – 0,5°
- Filter für höhere Ordnungen der Wellenlänge:
- Geschwindigkeits-Selektor der Firma Astrium
- Transmission 87 % für Neutronen der Wellenlänge 2,7 Å
- Strahl-Charakteristik bei einer horizontalen und vertikalen Divergenz von 0,5° FWHM:
- 1,85 Å mit PG(004): 2,6 × 106 n cm-2 s-1, ∆λ/λ = 1,1 %
- 2,7 Å mit PG(002): 2,7 × 106 n cm-2 s-1, ∆λ/λ = 2,1 %
- 3,4 Å mit PG(002): 1,3 × 106 n cm-2 s-1, ∆λ/λ = 1,6 %
- 4,7 Å mit PG(002): 2,4 × 105 n cm-2 s-1, ∆λ/λ = 1,1 %
- Durch eine Kollimation mit veränderbaren Aperturen kann der Primärstrahl auf einen Durchmesser von 1 – 4 mm2 eingestellt werden.
- Strahldivergenz ohne Aperturen:
- 0,8° FWHM horizontal
- 0,7° FWHM vertikal
Hauptdetektor: Zylindrischer Neutronen-Bildplatten-Detektor der Firma Maatel
- BaFBr: Eu2+ vermischt mit Gd2O3 als Neutronenkonverter
- Abmessungen der zylindrischen Detektortrommel:
- Radius: 200 mm
- Abgedeckter Winkelbereich:
- ± 152° horizontal
- ± 48° vertikal
- Einstellbare Pixelgröße (quadratisch): 125, 250, 500 μm
- Auslesezeit inklusive Löschen: 7 min (bei 250 μm Pixelgröße)
Zusätzlicher Detektor:
CCD Kamera mit einem neutronensensitiven Szintillator
- ZnS vermischt mit 6LiF als Neutronenkonverter
- Abmessungen:
- Aktive Fläche des Szintillators: 200 × 200 mm²
- Abstand zur Probe: 100 mm
- Erreichbarer 2Θ-Winkel um die Probenposition: 0° – 113°
- CCD Halbleiter mit 2048 × 2048 Pixeln
- Pixelgröße (CCD-Chip): 13,5 × 13,5 μm2
- Detektor-Auflösung ≈ 300 × 300 μm2 (begrenzt durch die Dicke des Szintillatormaterials)
- Minimale Auslesezeit: ≈ 1 sec (bei voller Pixelzahl); < 1 sec (wenn mehrere Pixel auf dem Chip aufintegriert werden
Technische Daten MIT kalter Quelle
Primärstrahl
- Neutronenleiter: NL1 mit einer Nickel-Titan-Beschichtung m = 2
- Monochromatorkristall:
- Pyrolytischer Graphit (PG), Mosaizität: 0,4 – 0,5°
- Filter für höhere Ordnungen der Wellenlänge:
- Geschwindigkeits-Selektor der Firma Astrium
- Transmission 87 % für Neutronen der Wellenlänge 2,7 Å
- Strahl-Charakteristik bei einer horizontalen und vertikalen Divergenz von 0,5° FWHM:
- 1,85 Å mit PG(004): 2,2 × 106 n cm-2 s-1, ∆λ/λ = 1,1 %
- 2,7 Å mit PG(002): 6,4 × 106 n cm-2 s-1, ∆λ/λ = 2,1 %
- 3,4 Å mit PG(002): 5,8 × 106 n cm-2 s-1, ∆λ/λ = 1,6 %
- 4,7 Å mit PG(002): 3,3 × 106 n cm-2 s-1, ∆λ/λ = 1,1 %
- Durch eine Kollimation mit veränderbaren Aperturen kann der Primärstrahl auf einen Durchmesser von 1 – 4 mm eingestellt werden.
- Strahldivergenz ohne Aperturen:
- 0,8° FWHM horizontal
- 0,7° FWHM vertikal
Hauptdetektor Zylindrischer Neutronen-Bildplatten-Detektor der Firma Maatel
- BaFBr: Eu2+ vermischt mit Gd2O3 als Neutronenkonverter
- Abmessungen der zylindrischen Detektortrommel:
- Radius: 200 mm
- Abgedeckter Winkelbereich:
- ± 152° horizontal
- ± 48° vertikal
- Einstellbare Pixelgröße (quadratisch): 125, 250, 500 μm
- Auslesezeit inklusive Löschen: 7 min (bei 250 μm Pixelgröße)
Zusätzlicher Detektor CCD Kamera mit einem neutronensensitiven Szintillator
- ZnS vermischt mit 6LiF als Neutronenkonverter
- Abmessungen:
- Aktive Fläche des Szintillators: 200 × 200 mm²
- Abstand zur Probe: 100 mm
- Erreichbarer 2Θ-Winkel um die Probenposition: 0° – 113°
- CCD Halbleiter mit 2048 × 2048 Pixeln
- Pixelgröße (CCD-Chip): 13,5 × 13,5 μm2
- Detektor-Auflösung ≈ 300 × 300 μm2 (begrenzt durch die Dicke des Szintillatormaterials)
- Minimale Auslesezeit: ≈ 1 sec (bei voller Pixelzahl); < 1 sec (wenn mehrere Pixel auf dem Chip aufintegriert werden
Instrumentverantwortliche
Dr. Andreas Ostermann
Telefon: +49 (0)89 289-14702
E-Mail: Andreas.Ostermann@frm2.tum.de
Dr. Tobias Schrader
Telefon: +49 (0)89 158860-743
E-Mail: t.schrader@fz-juelich.de
BIODIFF
Telefon: +49 (0)89 289-14565
Betrieben und gefördert von
Förderung
Publikationen
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impulse.mlz-garching.de
Zitierung Instrument
Heinz Maier-Leibnitz Zentrum. (2015). BIODIFF: Diffractometer for large unit cells. Journal of large-scale research facilities, 1, A2. http://dx.doi.org/10.17815/jlsrf-1-19
Zitat bitte stets einschließlich DOI.
Instrumentsteuerung
Galerie
Instrument BIODIFF
Instrument BIODIFF
© W. Schürmann / TUM
Detektorsysteme BIODIFF
Die beiden Detektorsysteme des Instruments BIODIFF.
© A. Ostermann / TUM
Mini-Kappa-Goniometer BIODIFF
Cryo-stream-Einsatz mit Mini-Kappa-Goniometer.
© A. Ostermann / TUM
Neutronen-Diffraktionsaufnahme BIODIFF
Neutronen-Diffraktionsaufnahme eines GFP Protein-Kristalls (M. Adachi et al. 2018).
© A. Ostermann / TUM
BIODIFF compound I
Casadei C.M. et al., Science (2014), 345: 193-197.
© A. Ostermann / TUM
BIODIFF inhibitor binding
Schiebel J. et al., Angewandte Chemie Int. Edition (2017), 56 (17):4887-4890.
© A. Ostermann / TUM
BIODIFF pocket water
Schiebel J. et al., Nat. Commun. (2018), 9:3559.
© J. Schiebel
BIODIFF xylanase
PNAS (2015), 112(40):12384-12389; “Direct determination of protonation states and visualization of hydrogen bonding in a glycoside hydrolase with neutron crystallography”. Qun Wan, Jerry M. Parks, B. Leif Hanson, Suzanne Zoe Fisher, Andreas Ostermann, Tobias E. Schrader, David E. Graham, Leighton Coates, Paul Langan, and Andrey Kovalevsky. Page number 12385, Fig. 1a,c,d.
BIODIFF helicobacter MTAN
PNAS (2016), 113(48):13756-13761; “Neutron structures of the Helicobacter pylori 5′-methylthioadenosine nucleosidase highlight proton sharing and protonation states”. Michael T. Banco, Vidhi Mishra, Andreas Ostermann, Tobias E. Schrader, Gary B. Evans, Andrey Kovalevsky, and Donald R. Ronning. Page number 13757, Fig. 2b.